В 1861 г. в связи с нехваткой мест на кладбищах Лавры решено было отвести под захоронения место между Невой и оградой монастыря. Четкий регулярный план с разбивкой на разряды составил епархиальный архитектор Г. И. Карпов. С 1868 г. кладбище именовалось Засоборным, а в 1877 г. получило название Никольского по имени церкви святителя Николая Чудотворца, построенной в 1868—1871 гг. по проекту Г. И. Карпова на средства купца Н. И. Русанова, для семьи которого в цокольной части храма была устроена усыпальница.

После 1917 г. при храме был организован особый приход. В июне 1925 г. церковь была передана на короткий срок обновленцам (до августа 1926), а в 1932 г. её и кладбище закрыли.

Храм был приспособлен под крематорий, в результате чего были уничтожены луковичная глава с крестом, часть штукатурного декора фасадов, изображения святых в нишах-киотах притвора, вся внутренняя отделка церкви и усыпальницы. В 1934 г. здесь проходили испытания печи для сжигания трупов. Однако испытание не было успешным, и церковь долгое время использовалась для складов и мастерских.

В 1941—1944 гг. здание пострадало во время обстрелов Ленинграда. После войны его занимали мастерские Ленинградского отделения Художественного фонда РСФСР.

В 1980-е гг. здание Никольской церкви было передано верующим, восстановлено и в 1985 г. освящено.

Реставрация была продолжена в 1989 г.: воссоздана живопись и устроен иконостас. И в мае 1991 г. храме возобновились богослужения.