В 1714 г. Пётр I подарил Александро-Невскому монастырю земли в Санкт-Петербургском уезде, недалеко от деревни Клочки. Век спустя здесь началось строительство Киновии Александро-Невской Лавры.

Строительство небольших деревянных зданий комплекса полностью завершилось летом 1822 г. Дальнейшая архитектурная история Киновии (с греческого — «общежительный монастырь») связана с именем крупнейшего благотворителя — первостатейного купца Фёдора Фёдоровича Набилкова. На его средства в 1840—1841 гг. была возведена небольшая каменная надвратная колокольня, в 1947 г. — два двухэтажных корпуса на нежилых подвалах, в одном из которых наместник Лавры освятил домовую церковь во имя Архистратига Михаила.

В июне 1862 г. по проекту епархиального архитектора Г. И. Карпова началось строительство нового пятиглавого храма, и к концу 1864 г. он был вчерне построен, а в 1868 г. — торжественно освящён.

Строительные и ремонтные работы шли в 1870-е гг. Продолжились они и после революции, но уже под светские нужды: в бывших церковных зданиях размещались общежития, пошивочный цех воинского обмундирования, СМУ и автотранспортное предприятие.

В 1990-х гг. начался процесс возрождения храма. Осенью 2015 г. стартовали реставрационные работы. В 2017-м завершилось восстановление фасадов. Затем велась работа по воссозданию интерьеров и благоустройству территории.