Проект парадного въезда в Александро-Невский монастырь был разработан в 1783 г. И. Е. Старовым. Он оформил его в виде круглой площади, обрамленной каменной полуциркульной стеной, по середине которой предположил устроить главные ворота с надвратной церковью.

Строительство церкви велось с 1784 г. под наблюдением архитектора М. Е. Мелентьева. Сам храм был освящён 15 июля 1786 г. во имя иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».

1 июля 1800 г. церковь стала приходской. В ней молились семьи мастеровых, обслуживающих Лавру, а также окрестные жители. В 1904 г. в церкви был открыт первый вне пределов Лифляндии латышский приход. В храме совершались богослужения и требы на латышском языке, а также имелась библиотека книг и периодических изданий. Латышский приход в Скорбященской церкви просуществовал до 1918 г.

2 октября 1931 г. храм был закрыт и передан районному совету Осоавиахима. Церковное помещение было перестроено с оборудованием второго этажа, роспись частично уничтожена. Образы Святой Троицы и благоверных князей Феодора Ярославича и Александра Невского закрашены. После войны в помещении церкви, отреставрированной в 1949—1950 гг. (с устройством окон вместо исторических образов), разместилась дирекция Музея городской скульптуры.

Скорбященскую церковь официально передали митрополии 15 апреля 1994 г. В сентябре 1997 г. в левом флигеле церкви наместником Лавры архимандритом Назарием (Лавриненко) была освящена часовня, а 23 сентября 2014 г. после окончания реставрационных работ митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Варсонофий совершил чин великого освящения надвратной церкви в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».