Семинарский корпус, образующий южную линию монастырского каре, состоит из двухэтажного флигеля, двухэтажного воротного павильона и трёх одноэтажных соединительных галерей, первая из которых (между воротным павильоном и Феодоровской церковью) заканчивается Южными воротами.

Был возведен в 1756—1763 гг. по проекту архитектора М. Д. Расторгуева, который учёл все предыдущие разработки. Отделка корпуса завершилась лишь к 1775 г. В том же году он был передан Александро-Невской духовной семинарии, а к 1841 г. здесь остались помещения только Александро-Невского духовного училища (жилые комнаты и классы), которые принадлежали ему до 1917 г.

После 1917 г. помещения Семинарского корпуса использовались под жилые квартиры горожан.

В период 1941—1944 гг. стены корпуса были повреждены и частично разрушены попаданием бомб.

К началу 1950-х гг. Семинарский корпус стал постепенно занимать ЦНИИ-48 (впоследствии ЦНИИ «Прометей»). В 1955 г. здание Семинарского корпуса было оборудовано центральным отоплением, хозяйственным водопроводом и канализацией, в 1959—1962 гг. проводилась перепланировка помещений под лаборатории вакуумной металлургии.

1 мая 1997 г. ЦНИИКМ «Прометей» передал часть помещений корпуса Санкт-Петербургской епархии. К 2000 г. епархии был передан весь корпус, и 20 июня митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Котляров) распорядился приписать к Лавре восточную часть Семинарского корпуса.